Pasakojama, kad Šilėnų piemenys, ganydami gyvulius, radę ant karklo pakibusį Nerimi atplaukusį Švč. Trejybės paveikslą. Žmonės paveikslą išvežę į Sudervės bažnyčią, bet jis vis sugrįždavęs. Žmonės tai palaikę Dievo ženklu ir nutarę pastatyti Šilėnuose bažnyčią. Maža medinė Švč.Mergelės Marijos bažnytėlė čia buvo pastatyta 1725 m., kai Šilėnų piemenys, ganydami gyvulius, rado ant karklo pakibusį, Nerimi atplaukusį Švč.Trejybės paveikslą. Pasakojama, kad paveikslą žmonės išvežė į Sudervės bažnyčią, bet jis vis grįždavo atgal. Žmonės tai palaikė Dievo ženklu ir nutarė pastatyti Šilėnuose bažnytėlę. XIX a. Šilėnų bažnyčioje buvo dar vienas stebuklingas paveikslas - Šv. Marijos. Šį paveikslą nutapė vietinis vargonininkas, kuriam sapne pasirodė Dievo Motina. Bažnyčia ilgai buvo filija, tik 1922 metais įsteigta Šilėnų parapija. Bažnyčioje yra keletas vertingų paveikslų. Seniausias iš jų yra virš altoriaus, jau minėtas, - "Švenčiausioji Trejybė". Jis nutapytas XVI - XVIII a., retas yra toks Trejybės vaizdavimo būdas, kai Dievas Tėvas laiko nukryžiuotą Jėzų Kristų. Kiti paveikslai tapyti XIX a. I pusėje: "Šv. Antanas", "Šv. Juozapas", "Marija Rožančinė", "Nazaretietis". Be to, bažnyčioje yra 1725 m. varpas su karūna.