Akmenų ir plytų mūro. Įrengta 1920 m. Bažnyčią norėta įrengti prieš Pirmąjį pasaulinį karą. Į Skrebotiškį 1918 m. atsiųstas kunigas Adomas Kačkus. Senas mūrinis grūdų sandėlis pertvarkytas į bažnyčią. Juozapas Žagrakalys jai 1922 m. dovanojo 15 ha žemės Kildiškių kaime. 1925 m. ši žemė pakeista į kitą, esančią netoli šventoriaus. Šventorius 1924–1925 m. apmūrytas. Jame 1935 m. pastatyta medinė varpinė. 1938 m. išdažytas bažnyčios vidus. Bažnyčia yra stačiakampio plano (31,2x11,3 m), žema, vienabokštė, su 2 šoniniais bokšteliais. Vidus 3 navų. Yra 3 altoriai.

Šventoriaus tvora akmenų mūro. Jame stovi medinė varpinė. Skrebotiškio bažnyčios statytojo Jokūbo Salinio duktės Zelmos Salinytės-Sakalauskienės (Bačkienės) prisiminimai "Mano tėvas Jokūbas Salinis tikrai dirbo, perstatant magaziną į bažnyčią. Jis buvo latvis ir vadovavo darbams. Daugiausia dirbo keturi žmonės. Tėvas buvo geras specialistas ir dengė stogus įvairiems dideliems pastatams. Kai statė bažnyčią, nusižiūrėjo Elžbietą Rauckytę iš Tetirvinų. Naujoje Skrebotiškio bažnyčioje jų "šliūbas" buvo pirmasis. Tėvas ne kartą yra sakęs: "Vaikai, būtinai visi nuvažiuosime į Skrebotiškį ir nusifotografuosime, kad atsimintumėte, jog jūsų tėvas šią bažnyčią statė." Deja, pažado neįvykdė. Mirė 1938 m., dengdamas Būginių mokyklos stogą. Man buvo dešimt metų. Tėvas palaidotas Biržuose, nes buvo liuteronų tikėjimo...". Apie varpinę ir varpus 1925 m. bažnyčios inventoriuje skaitome: "Skrebotiškio bažnyčia neturi varpinyčios, naudojasi dviem mažais signatoriais, kurie šone bažnyčios pakabinti ant stulpų." Signaliniams varpams buvo suręsta laikina medinė konstrukcija.

1927 m. kilnojamojo turto sąrašuose atsiranda klebono Gasparo Spudo įrašas apie varpus. Jų buvo keturi. Tų metų spalio 4 d. Panevėžio vyskupo Kazimiero Paltaroko nurodymu varpai buvo priskirti iš Pasvalio bažnyčios. Didžiausias, svėręs 100 kg, dėl nulūžusios pakabos nebetiko naudoti. Kitas, perpus lengvesnis, buvo suskilęs. Tik du mažiausieji (20 ir 10 kg) varpai pajėgė kviesti tikinčiuosius. Abu nenaudojami varpai buvo nurašyti, ir 1928 m. iš jų išlietas vienas naujas varpas. Nupirkus dar šiek tiek metalo jis svėrė apie 160 kg, aukštis – 61 cm, skersmuo – 67 cm. Lėšas darbams – 2200 litų – suaukojo parapijiečiai. Liejo Juozo Masalco (Masaicevo) varpų ir ūkio mašinų dalių liejykla Kaune. Skrebotiškio kunigas Bronislovas Kazakauskas naują instrumentą pakrikštijo Šv. Marijos vardu. Įrašai ant varpo: "SKREBOTISKIO PARAPIJEČIŲ AUKA" // "ŠV. MARIJA / MELSKIS UŽ MUS." Varpas nėra labai puošnus, tik pečiai padailinti augalinių ornamentų juosta. Be to, išlieta Marijos su kūdikiu ant rankų figūra. Naujasis varpas buvo pakabintas šventoriuje. Pagaliau 1935 m. kun. Antano Žakevičiaus rūpesčiu iškilo medinė varpinė, joje įkurdintas varpas kabo iki šiol. Yra pasakojimų, neva per Antrąjį pasaulinį karą varpas buvęs užkastas kaimo kapinėse ir taip išsaugotas. Tačiau šio fakto patvirtinti niekas negali. A. Žakevičius 1942 m. surašymo anketoje paminėjo tik vieną varpą, kitados atvežtą iš Pasvalio – patį mažiausią. Todėl visai gali būti, kad didžiojo varpo tuo metu varpinėje jau nebuvo. Vis dėlto varpo išlikimas per karą yra neatsakytas klausimas. Pasak Skrebotiškyje gyvenančios šviesuolės Albinos Pribušauskaitės, mažoje parapijoje varpo reikalai buvo patikėti zakristijonui. Bet, pavyzdžiui, kunigas A. Žakevičius, 1931 m. atsikraustęs į parapiją, su savimi atsivežė būrį padėjėjų, tarp kurių buvo iki tol nežinoti skalbėjos, varpininko "etatai". Tais metais Skrebotiškyje zakristijonu pradėjo tarnauti Dominykas Pribušauskas. Po karo jo šeima buvo ištremta į Sibirą, bet laimingai sugrįžus vyras vėl apsiėmė prižiūrėti bažnyčią ir tai darė beveik iki mirties 1982 m. Per pusamžį trukusią tarnybą teko skambinti ir varpais. Vėliau zakristijonu du dešimtmečius buvo Jonas Jankauskas iš Tetirvinų kaimo.

Skrebotiškio varpinė unikali. Pirmame aukšte įrengtas pečius, iš stogo kyšo raudonų plytų kaminas. XX a. 7 dešimtmetyje parapiją aptarnavo kunigas Juozas Dubnikas. Jis atvykdavo tik laikyti mišių, kartais apsistodavo keletui dienų. Klebono poreikiams buvo įrengti minėtieji patogumai. Be to, pirmame aukšte būta langų, kuriuos vėliau užkalė remontuojant varpinę. Sovietmečiu sugalvota greta pastatyti sandėliuką, bet pastatėlis taip ir neiškilo, buvo tik išlieti pamatai.