Legenda byloja, kad maro metais, XVIII a. pradžioje, Skudutiškio apylinkėse buvo pasirodžiusi Švč. Marija ir daugeliui padėjusi išsigelbėti nuo mirties. Senoliai sakydavo, kad Skudutiškis yra šventa vieta, kurioje buvo Marija, mena gyvas šio krašto pamaldumo tradicijas. Stebuklingu laikytas šalia trykštantis šaltinis ir aplinkui gulintys akmenys su keistais ženklais. Viename iš jų žmonės įžvelgdavo panašias į žmogaus pėdas, sakydavo, kad tai – Jėzaus Motinos Marijos pėdsakai. Tikintieji semdavosi šaltinio vandenį, juo apsiplaudavo, atsigerdavo, pildavosi į butelius, taip pat pasiimdavo samanų nuo akmenų ir jas vyniodavo į nosinę.

Atgimimo metais, apie 1990 m., šioje vietoje tremtinių iniciatyva buvo pastatyta Švč. Marijos skulptūra (panaši jų pastatyta ir Janonių koplyčioje). Idėją apsaugoti atvirame lauke stovinčią Skudutiškio Švč. Mariją ir virš jos įrengti koplytėlę kilo Skudutiškio gyventojai kultūros darbuotojai Ritai Varatinskienei (g. 1958 m.). Tam pritarė ir tuometis Skudutiškio parapijos klebonas Pranciškus Venckus (1933–2014). Surinkus aukas ir su visokeriopa parapijiečių pagalba buvo pastatyta koplytėlė. Daugelio kryžių ir altorių meistrai uteniškiai Algimantas ir Gediminas Juškos padarė koplytėlės statinio projektą ir kartu su vietos gyventojais atliko statybos darbus. 1997 m. gegužės mėn. vykusių Šv. Trejybės atlaidų metu koplytėlę pašventino Kaišiadorių vyskupijos generalvikaras prelatas Jonas Jonys (1912–2005). Pradžioje šventovės stogas buvo dengtas raudonomis čerpėmis, bet vėlesnio remonto metu jos pakeistos lengvesne danga.

Kol nebuvo koplytėlės, slėnis, kuriame susikerta Skudutė ir dar vienas mažas upeliukas, buvo vadinamas "Skudutiškio alka", laikyta pagoniška šventviete. Pastačius koplytėlę ji įgijo ir krikščionišką reikšmę. Tais pačiais 1997 m. viena šiaulietė susapnavusi Švč. Mergelės Marijos prašymą ir šventvietės slėnyje aplink koplytėlę pastatė septynias stoteles, kuriose žmonės gali prašyti šventų dalykų: santarvės šeimoje, meilės, sveikatos. Įvykusį tikinčiosios regėjimą skelbia šalia koplyčios pastatyta informacinė lenta.