Buvusią valstybinę žemę 1568 m. kunigaikštis Žygimantas Augustas už nuopelnus padovanojo Žemaičių seniūnui Jonui Chodkevičiui. XVII a. pr., Onai Scholastikai Chodkevičiūtei ištekėjus už Jono Stanislovo Sapiegos, Skuodo dvaro žemės atiteko Sapiegoms, kurie jas valdė iki 1831 m. sukilimo. Tame laikotarpyje buvo pastatyti dvaro rūmai ir kiti pastatai. Po sukilimo Skuodo dvarą nusavino Rusijos imperijos valdžia, pastatai buvo pritaikyti kareivinėms.

1918 m. Skuodo dvaro rūmuose įsteigta Skuodo gimnazija, kuri veikė iki Antrojo pasaulinio karo. Po karo šiame pastate veikė muzikos mokykla, kultūros, turizmo skyrius, o nuo 1992 m. čia įsikūrė Skuodo muziejus.