Pirmąją evangelikų liuteronų bažnyčią Skuode 1564-1569 m. pastatė kunigaikštis, Žemaitijos seniūnas, LDK didysis maršalka, Lietuvos delegacijos Liublino seime vadovas, Livonijos valdytojas Jonas Jeronimas Chodkevičius, padovanojęs parapijai apie 1 ha ariamos žemės ir pastatęs kunigui namą. Iš pradžių Skuodo evangelikų liuteronų bažnyčioje pamaldas laikydavo atvažiuojantis kunigas, o nuo 1603 m. iki XIX a. II p. parapija turėjo nuolat Skuode gyvenantį ir dirbantį kunigą. Tuo laikotarpiu parapijai priklausė apie 1250 tikinčiųjų. 1702 m. lenkų kariuomenė išžudė daug parapijiečių, nemažai išmirė 1710 m. maro metu. 1714 m. grafas Jonas Kazimieras Sa¬piega pastatė naują bažnyčią, kuri 1769 m. sudegė, 1821 m. parapijiečių pagalba bažnyčia vėl atstatyta.

Bažnyčia stovi miestelio centre, rytinėje aikštės pusėje, greta buvo klebonija, prie bažnyčios veikė choras. Pamaldos buvo laikomos lietuviškai ir latviškai. Per II pasaulinį karą bažnyčios pastatas vėl apdegė, pokario metais atstatytas ir nuo 1957 m. joje vėl laikytos pamaldos. 1972 m. bažnyčia restauruota. 1974 m. čia atidaryta parodų salė, iki 2014 m. veikė tautodailės paroda-parduotuvė "Margutis".

Skuodo evangelikų liuteronų bažnyčia nuo 2004 m. įrašyta į Lietuvos Respublikos nekilnojamų kultūros vertybių registrą, jai suteiktas Valstybės saugomo objekto statusas.