Pirmąją medinę katalikų bažnyčią mieste apie 1614 m. pastatė ir ją turtu aprūpino Jonas Chodkevičius. Kol mieste bažnyčios nebuvo, mišios ir pamaldos buvo laikomos prie 1567 m. J. Chodkevičiaus pastatytos koplyčios, kurią žmonės vadino Mūro kryžiumi. Vyskupas J. Tiškevičius Skuodui suteikė dekanato centro statusą, prie bažnyčios buvo įsteigta Krikščioniškojo mokslo brolija, o vėliau – Ūkininkų šv. Izidoriaus brolija. Skuodo klebonui buvo suteiktas infulato titulas – teisė nešioti mitrą. 1724 m. jau kitas Skuodo valdytojas – K. Sapiega, matydamas, kad Bartuvos upė plauna bažnyčios pamatus, paskyrė naują sklypą bažnyčios statybai. 1725 m. Sapiegos rūpesčiu buvo pastatyta Švč. Trejybės bažnyčia, kurią konsekravo vyskupas Antanas Dominykas Tiškevičius. Ji Skuode stovėjo daugiau negu šimtą metų, kol 1835 m. arti bažnyčios gyvenęs žydas, kepdamas duoną ir riestainius, netyčia uždegė savo namus. 

Gaisro metu sudegė ir bažnyčia. XVI-XVIII a. Skuodo katalikų bažnyčia buvo medinė ir stovėjo maždaug toje pačioje vietoje, kur dabar stovi mūrinė. 1844-1847 m. bažnyčios statybos ėmėsi tuometinis Skuodo krikščionių katalikų parapijos klebonas Jonas Sudimtas, sudaręs sutartį su apylinkės dvarininkais. Puikus bažnyčios pastatas buvo sumūrytas per porą metų ir stovi iki šiol. 1850 m. ją konsekravo vyskupas Motiejus Valančius.