Dar 1900 m. gyventojai prašė valdžios leidimo Švenčionėliuose prie kapinių pasistatyti koplyčią. Statyti neleista. 1903 m. leidimas gautas, bet žmonės jau norėjo bažnyčios. Kunigas Jonas Burba 1906 m. pradžioje viename gyvenamojo namo gale įrengė altorių, kitame įsikūrė pats. Iš buvusio bendruomenės grūdų sandėlio 1907 m. pastatyta medinė bažnyčia. Įsteigtą parapiją valdžia patvirtino tik 1910 m. Klebono Ambraziejaus Jakavonio iniciatyva 1929 m. pradėta statyti dabartinė mūrinė bažnyčia. Bažnyčia istoristinė, stačiakampio plano, dvibokštė. Vidus 3 navų, atskirtų pilioriais. Šventoriaus tvora mūrinė ir metalinė.