Šventežerio Švč. Mergelės Marijos Gimimo bažnyčia pastatyta 1882 m. Pirmasis sakralinis pastatas – evangelikų-reformatų bažnyčia Šventežeryje pastatyta Radvilų 1598 m. 1663 m. ji atiduota katalikams. 1746 m. dvaro ir miestelio savininko Karolio Radvilos iniciatyva pastatyti nauji mediniai maldos namai.

1783 m. Seirijų bažnyčios inventoriuje minima grafo Tiškevičiaus naujai pastatyta, tiksliau – perstatyta, Šventežerio bažnyčia. Ji buvo dvibokštė, suręsta iš senų sienojų su nauju prieangiu. Nuo 1824 iki 1830 m. šis senas pastatas dėl nesaugumo uždarytas, 1831 m. iš pagrindų suremontuotas. 1863 m. jos būklė buvo bloga, todėl parengtas naujos, mūrinės bažnyčios projektas. Statybos nepradėjus, 1865 m. spalio 15 d. sudegė senoji bažnyčia. Per mėnesį buvo pastatyti laikini maldos namai, į kuriuos perkeltas visas gaisro metu išgelbėtas inventorius. 1871 m. spalio 20 d. sudegė ir laikinasis pastatas, šįsyk su visu bažnyčios turtu. 1880 m. į Šventežerį perkelta Šlavantų dvaro kapinėse 1822 m. buvusi suręsta medinė Gauronskių šeimos koplyčia. Prie jos pristačius dvi zakristijas, bokštą ir portiką, viduje įrengus galeriją, 1882 m. užbaigta originalios neoklasicistinės architektūros bažnyčia. 1886 m. įrengti altoriai. 1907 m. perdarytas bokštas, bažnyčios pamatai.

Tarpukario metais perdažytas bažnyčios vidus, 1932 m. šventorius aptvertas betonine tvora. 1953 m. virš zakristijos iškeltas antrasis aukštas, pakeistos dvi portiko kolonos, išdažyta išorė ir vidus, atnaujinti altoriai. Šventežerio bažnyčia yra originalus istorizmo epochos medinis architektūros paminklas.