Akmeninė Upninkų bažnyčia, skirtingai nei įprasta maldos namams, stovi ne pačiame gyvenvietės centre, o kiek atokiau nuo jos - prie pat Šventosios upės. XIX a. Upninkus ypatingai siaubė gaisrai. Sudegė ne tik bažnyčia, bet ir visi kiti kaimo gyvenamieji ir ūkiniai pastatai. Po didžiojo gaisro išliko vienintelis pastatas – akmeninis grūdų sandėlis, kurį dvarininkas padovanojęs bažnyčios reikmėms. Gyventojai nebenorėję kurtis gaisravietėje, išsikraustė toliau nuo buvusio centro, o klasicistinės stilistikos bažnyčia, įrengta senajame sandėlyje, liko upės slėnyje.