Muziejus Utenoje buvo įkurtas 1929 metais. Muziejui buvo paskirtas nemažas kambarys Utenos naujojoje pradžios mokykloje. Dabar tai Rapolo Šaltenio pagrindinė mokykla J.Basanavičiaus gatvėje. 2000 - 2001 metais vyko muziejaus kapitalinis remontas su rekonstrukcija. Šiuo metu muziejuje įrengos naujos ekspozicijos: Utenos miesto istorijos ekspozicija, Archeologijos ekspozicija, Etnografijos ir senosios skulptūros ekspozicija, Amatų ir verslų ekspozicija.