Medininkų vyskupijos steigimo metais Varniuose jau stovėjo parapinė bažnyčia. Ji buvo pastatyta Vytauto Didžiojo rūpesčiu 1413-1416 metais (toje pačioje vietoje, kur dabar stovi medinė Šv. Aleksandro parapijos bažnyčia), o pašventinta 1417 metais ir pavadinta Šv. Aleksandro (Kapadokijos, vėliau Jaruzalės vyskupo kankinio) vardu, nes toks buvo kunigaikščio Vytauto Didžiojo krikščioniškasis vardas. Tai viena bene seniausių bažnyčių Žemaitijoje. Per prabėgusius 500 metų šioje vietoje ši bažnyčia yra ketvirta. Dabartinis jos vaizdas yra nuo 1779 m. ir savo architektūrine verte yra vėlyvojo Lietuvos baroko ir medinės liaudies architektūros pavyzdys. Po antrojo pasaulinio karo okupacinės sovietų valdžios ji buvo uždaryta ir barbariškai suniokota. Tačiau per paskutinį dešimtmetį bažnyčia buvo sugrąžinta tikintiesiems ir restauruota.