Veprių muziejus įkurtas 1967 m. jo įkūrimo iniciatoriaus ir ilgamečio vadovo, mokytojo Jono Žentelio asmeninės kolekcijos pagrindu.
Pradžioje muziejus buvo visuomeninis. 1995 m. jis tapo Ukmergės kraštotyros muziejaus skyriumi. Šiuo metu ekspozicijoje ir fonduose yra daugiau nei 8000 eksponatų, atspindinčių Veprių krašto praeitį. Įdomiausi eksponatai: etnografiniai, sakraliniai, archeologiniai.