1944 m. besitraukdama vokiečių kariuomenė susprogdino Veprių bažnyčios varpinės bokštą. Buvo apgadinta bažnyčia, dužo dauguma vitražų ir didysis bei vidurinysis varpai. 2010 m. gegužės 23 d. minint bažnyčios pastatymo šimtmečio jubiliejų šventoriuje, dalyvaujant Kauno arkivyskupui Sigitui Tamkevičiui, pašventinta Marijos rožinio karalienės skulptūra. Ta proga suklijuoti senieji didysis varpas (XVIII a.) ir vidurinysis varpas (XVII a.), kurie eksponuojami bažnyčioje. Šventoriuje atidengtas naujasis bažnyčios varpas.