1981 m. tuomečio LVA rektoriaus prof. R. Karazijos iniaciatyva nutarta įsteigti muziejų. Steigimui vadovavo taryba, kurios sudėtyje buvo Akademijos prof. K. Trainys, garbės profesoriai J. Vaitkus, V. Skimundris ir kiti. Muziejaus vedėja R. Marcinkevičienė keletą metų su Akademijos bendruomene rinko istorinę medžiagą ir eksponatus. Eksponatų dovanojo Veterinarijos mokslinio tyrimo institutas, veterinarijos gydytojai. 1986 m. rugsėjo 1 d. Veterinarijos akademijos muziejus pakvietė pirmuosius lankytojus. 2011 m. Akademijos kanclerio prof. H. Žilinsko pastangomis, minint Akademijos 75-erių metų sukaktį, duris atvėrė atnaujintas, šiuolaikiškas muziejus, papildytas naujomis temomis ir eksponatais. Šiuo metu muziejuje vyksta ekskursijos, rengiamos parodos, įrengtoje 50 vietų salytėje skaitomos paskaitos studentams, rengiamos konferencijos, seminarai, šventiniai ir jubiliejiniai minėjimai, susitikimai ir kt.