Pirmosios sudegusios medinės cerkvės vietoje XVI a. pabaigoje pastatyta mūrinė cerkvė. 1611 m. cerkvė ir prieglauda atiteko unitams – stačiatikių tikėjimo, tačiau popiežiaus viršenybę pripažįstantiems krikščionims, pastarieji pastatų neprižiūrėjo. Istoriniuose šaltiniuose teigiama, kad cerkvėje atsirado smuklė, o prieglaudoje – viešieji namai. Atgimusią šventovę XVIII a. ypač pagerbė caras Petras I, lankydamasis padovanojo Šiaurės karo metu iš švedų atimtas vėliavas. Pasklido legenda, kad pats caras čia krikštijo poeto A. Puškino protėvį, iš Afrikos kilusį Hanibalą (marmurinė lenta). 1864 m. jau apgriuvusi cerkvė atstatyta neobizantiniu stiliumi (archit. N. Čiaginas).