Šv. Pranciškaus Asyžiečio, arba Bernardinų, bažnyčia yra vienas didžiausių gotikinių sakralinių pastatų. XV a. Vilniuje įsikūrę bernardinai pastatė medinę bažnyčią, kuri vėliau buvo perstatyta į mūrinę. Po to bažnyčia buvo dar keletą kartų atnaujinama. XVII–XVIII a. ji įgijo renesanso ir baroko bruožų. Sovietinės okupacijos metais bažnyčia buvo uždaryta ir perduota Dailės institutui. 1994 m. į ją vėl grįžo Šv. Pranciškaus mažesnieji broliai. Bažnyčios fasade išsiskiria gotikiniai smailiaarkiai langai ir kontraforsai. Virš jų kyla frontonas su aštuoniakampiais bokšteliais iš šonų ir Nukryžiuotojo freska. Seniausioji bažnyčios dalis – gotikinė presbiterija. Bažnyčią puošia lieknas, aštuoniasienis varpinės bokštas. Labai vertingas yra šios bažnyčios interjeras. Šoninėse navose yra išlikę gotikiniai krištoliniai ir žvaigždiniai skliautai. Navų sienas puošia gotikinės polichrominės freskos, kurios 1981 m. buvo iš dalies atidengtos. Tai spalvingos figūrinės kompozicijos Biblijos ir hagiografinėmis temomis, vietomis su gotikinio šrifto užrašais, augaliniais ornamentais, heraldiniais ženklais. Ši tapyba sukurta XVI a. ir laikoma unikalia.

Bažnyčioje yra vienuolika altorių, visi jie mediniai, vėlyvojo baroko stiliaus, natūralios medžio spalvos. Čia saugoma seniausia žinoma Lietuvoje XV a. Nukryžiuotojo skulptūra, taip pat du vertingi marmuriniai antkapiai: barokinis Petro Veselovskio ir renesansinis Stanislovo Radvilos Pamaldžiojo. Pastarasis – seniausia Lietuvos profesionalioji apvaliosios skulptūros memorialinė kompozicija. Bernardinų vienuolynas statytas kartu su bažnyčia. Čia veikė noviciatas, ordino seminarija, buvo sukaupta gausi biblioteka, veikė skriptorijus. Bernardinai ypač garsėjo savo pamokslininkais, taip pat turėjo savų amatininkų. Kai 1864 m. vienuolynas buvo uždarytas, pastate įsikūrė kareivinės. Nuo 1919 m. čia įsikūrė universiteto dailės fakultetas, vėliau Dailės institutas, dabar – dailės akademija. 2008 m. buvo rekonstruotas Vilniaus Bernardinų istorinis – architektūrinis ansamblis (renovuotos bažnyčios, choro bei vienuolyno administracinių patalpų palėpės, bažnyčios vartai, praėjimas, rūsys ir vidinis kiemelis), įkurti turistų apžvalgos takai.