Kažkada Vladikiškių, Stoniavos ir Pavuolio dvarai Žiežmarių apylinkėse priklausė Kierdėjams. 1647 m. Gardino maršalkos Vladislovas Kierdėjaus rašytame testamente minimi jo turimi Pavuolio ir Stoniavos palivarkai; neabejotinai tuo metu jam priklausė ir Vladikiškės. XVII a. pabaigoje dvaro savininko Ašmenos taurininko Aleksandro Kierdėjaus ir Onos Ovsianaitės dukra Elena Kierdėjūtė ištekėjo už Mato Romerio (1655-1718). Jis buvo antrasis artilerijos generolo Motiejaus Romerio (apie 1606-1699) sūnus, pirmas iš Romerių, patyręs sėkmę ir pripažinimą Trakų vaivadijoje. 1684 m. jis buvo Livonijos pastalininkis, vėliau – Trakų žemės teismo teisėjas, Trakų vėliavininkas ir galiausiai Trakų pakamaris. Vesdamas Kierdėjūtę ir pats įsigydamas žemes, Matas Romeris tapo gausių valdų Trakų, Lydos, Gardino, Ašmenos, Raseinių pavietuose savininkas. Kadangi Elena Kierdėjūtė turėjo vieną brolį Mykolą, kuris mirė bevaikis, po jo mirties Romeriams ir jų vaikams atiteko didžiulės Elenos tėvo valdos. Tokiu būdu keliems šimtmečiams, iki 1926 m., Vladikiškių dvaras tapo Romerių nuosavybe. Dar būdamas gyvas, Matas Romeris penkiems savo sūnums padalino savo valdas. Vladikiškės kartu su Stoniavos, Juodiškų, Pavuolio bei kitais dvarais atiteko Leonui Romeriui (mirusiam 1730 m.). Trys jo sūnūs palikuonių nesusilaukė, todėl šios valdos perėjo Leono brolio Stepono Jurgio sūnums. Vladikiškės atiteko Damazui Romeriui. Jaunystėje jis tarnavo Prūsijos kariuomenėje ir, turėdamas kapitono laipsnį, dalyvavo Septynerių metų kare. Ėjo įvairias pareigas Trakų paviete. Gyvenimo pabaigoje tapo Trakų pavieto pakamariu. Buvo vedęs Kotryną Skarbek Važinskytę, kuri dokumentuose dažnai buvo minima kaip dvaro savininkė. Per 1773 m. dvarų dalybas Vladikiškes Damazas užleido broliui Mykolui, o šis dvarą paliko sūnėnui, vyriausiajam brolio Jono sūnui Aleksandrui Juozapui (g. 1784 m.), kuris toliau tęsė Romerių giminės Vladikiškių liniją. Lenkų kariuomenėje buvo išsitarnavęs kapitono laipsnį. Jis buvo ne tik Vladikiškių, bet ir Kaišiadorių, Triliškių ir Stoniavos bei kitų dvarų savininkas. 1819 m. vedė Joaną Siekluckytę, su kuria susilaukė aštuonių vaikų – penkių sūnų ir trijų dukterų. Po Aleksandro Juozapo mirties 1861 m. Vladikiškių dvaro paveldėtoju tapo jauniausias sūnus Boleslovas (1841-1920), Trakų apskrities bajorų maršalka. 1879 m. vedė Elzbietą Romerytę, Edvardo Jono ir Sofijos dukterį, žymaus dailininko Edvardo Mato Romerio seserį, tolimą savo giminaitę (abiejų seneliai buvo broliai). Jų duktė - Celina, gimusi 1884 m., susirgo ir mirė būdama penkiolikos metų amžiaus – 1899 m. B. Romeris turėjo ir sūnų – Steponą Romerį, gimusį 1881 m. Tėvas jį išlepino, buvo jis silpno būdo ir charakterio. Vėliaus Steponas išvyko iš Lietuvos, vedė vokietę, iššvaistė visą jos turtą, galiausiai buvo paralyžuotas ir sunkiomis gyvenimo salygomis baigė gyvenimą Vokietijoje – kai 1935 m. jis mirė, Romerių giminės Vladikiškių linija sunyko. Vladikiškių dvarininkas Boleslovas Romeris praradęs viltį, kad sūnus surimtės ir grįš į gimtąsias Vladikiškes, ir nenorėdamas, kad dvaras pereitų į svetimas rankas, 1914 m. Vladikiškių dvarą pardavė savo sūnėnui (žmonos brolio sūnui) Bronislovui Romeriui. Tais pačiais metais, kiek anksčiau, Vladikiškių dvaras buvo užstatytas Vilniaus žemės banke už Boleslovo ir jo žmonos Elzbietos Romerių skolas, todėl Bronislovas, įsigydamas dvarą, perėmė ir įsipareigojimus bankui. Tačiau prasidėjo Pirmasis pasaulinis karas ir naujasis dvaro savininkas pateko į frontą. 1918 m. rugsėjo 21 d. Karelijoje bolševikų buvo areštuotas ir kartu su dar trimis bendražygiais po poros dienų buvo sušaudytas. Pagal 1922 m. kovo 29 d. Lietuvos valstybės didžiosios žemės reformos įstatymą, tų metų gruodžio mėn. Trakų apskrities žemės tvarkytojo nutarimu Vladikiškių dvaro žemės buvo išparceliuotos. Iš buvusių 330 ha dvaro žemių 250 ha buvo išskirta parceliacijai ir padalinta į 20 atskirų sklypų (skirtų bežemiams ir mažažemiams) ir paliekant pagal įstatymą neliečiamą 80 ha žemės normą savininkui (tiksliau – 70,5 ha). Kadangi dvaro parceliacijos metu savininko Bronislovo Romerio Lietuvoje nebuvo (niekas nežinojo, kad jo nėra gyvųjų tarpe), nutarta dvaro sodybą palaikyti valdžios žinioje iki atsiras savininkas. Tokiu būdu dvaras buvo išnuomotas pagal sutartį iki 1930 m. pavasario. Tačiau tais pačiais 1923 m. Kamilė Romerytė pristatė Bronislovo Romerio įgaliojimą valdyti Vladikiškių dvarą ir pagal perdavimo aktą perėmė dvarą, Perdavimo akte nurodomi tuo laiku dvaro sodyboje stovėję pastatai (3 gyvenamieji ir 7 ūkiniai): gyvenamasis namas – rūmai ("palocius"), du gyvenamieji namai, klojimas, maniežas, keturi tvartai, kalvė. Be to, akte minimas sodas su 1961 vnt. vaismedžių. 1926 m. Bronislovo įgaliotinė Kamilė Romerytė (tuo metu gyvenusi Žiežmarių valsčiaus Lijono dvare), Vladikiškių dvarą su sodu ir trobomis (69 ha) pardavė Vladislovui ir Pranui Chatkevičiams už 83 tūkstančius litų, sumokant doleriais ir tokiu būdu Romerių giminė, Vladikiškių dvarą valdžiusi beveik 300 metų, neteko šios nuosavybės. Paskutinis Vladikiškių dvaro savininkas, iš kurio 1940 m buvo nusavinta beveik visa dvaro žemė, buvo Zigmas Šimašius, kuris 1941 m. birželio 14 d. buvo ištremtas į Sibirą, ten ir mirė. Jo šeima buvo ištremta atskirai.

Išlikęs gyvenamasis namas (dalis namo apkalta lentomis, kita dalis – mūrinė). Spėjama, kad jis statytas XVIII a. antroje pusėje ar XIX a. pradžioje. Apie dvaro interjerą nieko nežinoma, tačiau apie jame buvusią biblioteką byloja retsykiais sutinkamos knygos su Vladikiškių bibliotekos ekslibriais (su įrašu po karūna "BIBLIOTEKA WŁADYKISKA"). Tebestovi mūrinis tvartas ir svirnas, taip pat išliko dalis parko su tvenkiniu. Šiuo metu dvaro sodyba priklauso Robertui Krupauskui.