Pati pirmoji bažnyčia Ylakių miestelyje buvo pastatyta 1642 metais. 1701 m. kun. A. Sapiega, susitaręs su Žemaičių vyskupu pastatė Ylakių kaime medinę bažnyčią ir jai užrašė 2 valakus žemės ir 9900 auksinių. Šios bažnyčios forma priminė kryžių. Vadinosi ji Apaštališka bažnyčia, nes per visą bažnyčios ilgį buvo balkis, o ant jo visi apaštalai. 1785 m. bažnyčia perstatyta. Ilgą laiką ji buvo Skuodo bažnyčios filija. 1841 m. prie bažnyčios gyveno 2 kunigai; filijai priklausė pusė margo žemės. Filialistai gaudavo 89,10 rb. metinės algos. 1744 metais vėl statoma nauja bažnyčia, kuri 1806 metais buvo sena ir griūvanti (dalis bažnyčios ir bokštai buvę nesenai perstatyti, tik dėl blogo stogo virto griuvėsiais.). Nuo XIX amžiaus pradžios veikė parapinė mokykla. 1843 metais įsteigta parapija. 1863 metais vikarą Aleksandrą Miliauską valdžia įtarė raginus žmonės eiti į sukilimą, todėl jį ištrėmė į Samaros guberniją.

Iš Ylakių kunigų minėtinas Ylakių apylinkėse gimęs kun. Matas Veitas, kažkokiu būdu įsimaišęs į 1863 m. sukilimą. Rusai jį ištrėmė į Archangelską, iš kur jis tik 1871 m. į Kuršą tegrįžo. Vėliau savanoriškai persikėlė į Sibirą ir buvo įvairių parapijų klebonu. Į Lietuvą te sugrįžo 1909 m. Mirė Skuode, 1923 01 13.

1880 m. Ylakiuose kilo gaisras, ir bažnyčia sudegė. 1894 m. pastatyta nauja, jau mūrinė bažnyčia. Jos bokštai – smaili kaip ylos, kad atitiktų miestelio pavadinimą. Statyboje pamėgdžiojami romaninis ir gotikinis stiliai. Iki šių dienų išlikę bažnyčios viduje 3 mediniai suolai, pagaminti 1765 m., 1768m., 1795 m. Manoma, kad jie stovėjo ir medinėje bažnyčioje. Bažnyčia buvo pavadinta Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai vardu, kurią 1897 m. vysk. M. Paliulionis konsekravo, parapija priklausė Skuodo dekanatui. 1983 metais ji apjungė net 7000 katalikų.

Ylakių bažnyčia yra statyta neogotikos laikotarpyje. Bažnyčia istorinė, stačiakampio plano dvibokštė. Šventoriaus tvora mūrinė. Nuo bažnyčios pastatymo jos pavadinimas nekito, jis išliko iki šių dienų. Šioje Ylakių parapijos bažnyčioje vyksta nemažai religinių švenčių, be Šv. Kalėdų, Šv. Velykų ir kitų mums žinomų religinių švenčių čia švenčiami ir Šv. Jurgio, Šv. Povilo, Šv. Roko, Šv. Mato atlaidai.