Baltijos jūros gyvūnų reabilitacijos centras – svarbus ne tik muziejui, ne tik Klaipėdai, net ir ne vien tik Lietuvai, o ir visoms kitoms šalims, turinčioms priėjimą prie Baltijos jūros. Centro siekis – slaugyti ir gydyti nuo žmogaus ūkinės veiklos nukentėjusius ruonius ir paukščius. Čia siekiama sukurti šiuolaikinius mokslo ir praktikos standartus atitinkančią jūros gyvūnų tyrimų ir gelbėjimo sistemą, vykdyti gyvūnų biologijos tyrimus bei skatinti visuomenės švietimą ir edukaciją.

Kiekvienais metais Lietuvos pajūryje randama daugiau nei 20 paliktų ruonių jauniklių, sužalotų Baltijos jūros ruonių ir paukščių. Sužeisti, sergantys ruoniai ar pasimetę ruonių jaunikliai gydomi Lietuvos jūrų muziejuje, sustiprėję paleidžiami atgal į Baltijos jūrą. Ruonių, kitų jūros gyvūnų ligoninė, Baltijos jūros gyvūnų reabilitacijos centras papildys Lietuvos jūrų muziejaus kompleksą.