Kryžiuočių agresiją žemaičiai pasitiko medinėmis pilimis, jose gynėsi ir apgynė savo laisvę. Per amžius medinės pilys sunyko, liko tik piliakalniai. Nedaug yra žinių apie pačių pilių išvaizdą – šiek tiek jų teikia archeologiniai tyrinėjimai, šiek tiek – vėlesni mediniai statiniai. Spėjama, kad medinių bažnyčių varpinių bokštai galėjo išsaugoti pilių architektūrines tradicijas. Bubių piliakalnis, dar vadinamas Pilale, suvaidino svarbų vaidmenį kovose su kryžiuočiais. XIII amžiuje čia stovėjo viena iš stipriausių Šiaulių žemės pilių. Vokiečių kronikose ne kartą minima Dubysos pilis (vok. Dobitzen) ant Bubių piliakalnio galėjo iškilti prieš 1230-uosius metus. Pilies statytojai kalną paaukštino ir perkasu atskyrė nuo kalvos, ant kurios buvo įsikūrusi gyvenvietė. Pasakojama, jog žmonės, einantys pro piliakalnį, turėdavę atnešti keturis gorčius smėlio, o raitieji – penkis. Jeigu kam nors prireikdavo kūrenamos ant kalno šventosios ugnies, taip pat turėjo aukoti.

Bubių piliakalnis stūkso Dubysos kairiojo kranto aukštumos kyšulyje. Piliakalnio šlaitai statūs, apie 14 metrų aukščio. Viršūnės aikštelė ovali, maždaug 80 metrų ilgio ir 35 metrų pločio. Pietrytinėje dalyje, kur stovėjo pilies kuoras ir vartai, apie 35 metrų ilgio aikštelė dar paaukštinta 4,5 metro. Iš trijų pusių piliakalnį supo upės slėnis, iš vakarų jį saugojo padubysio pelkės. Pilies būta medinės, apjuostos akmenimis sutvirtinta 5–6 metrų aukščio statinių rastų siena. Prie sienos vidinės pusės suręsta pakyla pilies gynėjams. Manoma, kad įgulą galėjo sudaryti 50–70 ginkluotų vyrų. Dubysos pilis buvo svarbi Šiaurės Lietuvos fortifikacinės sistemos grandis. Tik už 5 kilometrų į šiaurės vakarus stovėjo Sauginių pilis, už 6 km. - pilis ant Kurtuvėnų piliakalnio, kiek toliau – 15 km į šiaurės rytus – Šiaulių pilis, 12 km į pietryčius – Bauskės pilis ant Normančių piliakalnio, 18 km į vakarus – Biržės pilis ant Kalniškių piliakalnio. 1236 m. vasarą Dubysos pilį nesėkmingai bandė užimti Saulės mūšyje sumušti kalavijuočiai. Įgulos pasipriešinimas padėjo kunigaikščiams Bulioniams pavyti ir galutinai sunaikinti priešus prie Mūšos upės. 1348 m. Dubysos pilį sudegino didelės Ordino kariuomenės pajėgos. Pilis netrukus buvo atstatyta, tačiau per 1358 m. antpuolių sudegė vėl. Livonijos kronikose rašoma, kad per paskutinįjį pilies šturmą žuvo 100 jos gynėjų ir 2 ordino broliai.

1902-1911 m. Bubių piliakalnį kasinėjo garsus lenkų archeologas Liudvikas Kšivickis. Ištyrinėjęs maždaug 100 kv. metrų plotą, jis aptiko iki 0,5 – 1 metro storio kultūrinį sluoksnį. Rasta XI a.–XIV a. daiktų: lanko bei arbaleto strėlių geležinių antgalių, peilių, raktų, verpstelių, apdegusio molio gabalų, suanglėjusių kviečių, miežių, rugių, sorų. Daugelis L.Kšivickio radinių pateko į Sankt Peterburgo Ermitažo saugyklas. 1973-aisiais užtvenkus Dubysą, Šiaulių jūros krantas beveik pasiekė Bubių piliakalnio šlaitus, tačiau piliakalnį pavyko išsaugoti. Iki 1996 m. piliakalnis buvo labai apaugęs, nesimatė jo kontūrų.