1773 m. bajoras Mikalojus Šmigelskis Ceikiniuose pastatė medinę bažnyčią ir paskyrė jai beneficiją. 1904 m. kun. Jono Burbos rūpesčiu Ceikiniai tapo parapija. Pirmojo pasaulinio karo metais bažnyčia sudegė ir atstatyta tik po karo. 1947 m. klebonas Bronius Laurinavičius bažnyčią padidino. 1963-1979 m. klebonavo Karolis Garuckas, aktyviai gynęs tikinčiųjų teises (palaidotas šventoriuje).

2016 m. bažnyčia degė dar sykį. Buvusoje bažnyčioje buvo įrengti trys altoriai. Šventoriuje stovi išlikusi po gaisro 3 aukštų medinė varpinė. Bažnyčia, po 3-čiojo gaisro buvo atstatyta per metus laiko.