Naujojoje Žagarėje medinė bažnyčia buvo pastatyta XVI a. (pirmas paminėjimas 1592-97 m. Žemaičių vyskupijos bažnyčių sąraše). Nauja – mūrinė pastatyta po 1643 m. (veikiausiai iki 1655 m.). Pagal padavimą, Šiaulių ekonomijos dvarų valdytojas Minginas, susipykęs su Senosios Žagarės dvaru ir kunigais, nusprendė Naujojoje Žagarėje pastatyti dar gražesnę bažnyčią, teisindamasis, kad su senąja miesto puse sunku susisiekti dėl potvynių pavasariais ir per dideles liūtis. Bažnyčia buvo statoma Lenkijos karaliaus ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio Zigmanto Vazos lėšomis. Dėl Senosios Žagarės gyventojų pavydo planuotas bažnyčios sienų ir bokšto aukštis nebuvo pasiektas. Pasakojama, kad Senosios Žagarės kunigai ir dvasininkai papirko bažnyčios statybos meistrus ir darbų vedėjas, neužbaigęs darbo, išvažiavo. Likę blogesni meistrai taip ir neišpildė numatyto Mingino plano.

Pagal 1792 m. generalinės vizitacijos aktą, bažnyčia buvusi mūrinė, dengta lentelėmis, su dešimčia langų ir septyniais altoriais. Šventorius aptvertas akmenų tvora nuo miestelio pusės ir statinių tvora nuo klebonijos. Iki 1800 m. valandas skelbdavo bažnyčios laikrodis. Iki šių dienų bažnyčioje išlikę senieji žalvariniai varpai. Vienas sveria 720 kg, antrasis - 460 kg. Meninę vertę turi XIX a. Varšuvoje gaminti bažnyčios vitražai. Didžiojo altoriaus drobė su metalu tapyta 1744 m., restauruota 1855 m. Išlikę du seni šilku ir metalu siuvinėti arnotai. Paveikslai "Viešpats Kristus perduoda apaštalui šv. Petrui raktus", Šv. Juozapo brolijos altoriaus paveikslas "Šventoji Šeima" yra išlikę nuo XVII a. Vėliau bažnyčia praturtėjo altoriniu Švč. Mergelės Marijos Gailestingumo Motinos atvaizdu, vertingais "Šv. Lauryno", "Šv. Antano", italų dailininko tapytais Kryžiaus kelio stočių paveikslais.