Dvaras įkurtas 1833 m., sujungus iš aplinkinių kaimų atimtas žemes, po vadinamosios žemės separacijos. Aplink kūrėsi dvaro darbininkų sodybos. 1905 m. dvarą nupirko Šereiklaukio dvaro savininkai ir jis tapo šio dvaro palivarku. Pempynės dvare buvo auginami žirgai.

Centrinis dvaro pastatas - vieno aukšto su mansarda, drėbtas iš molio, gyvenamasis namas, stačiašlaičiu stogu, statytas XIX a. pirmoje pusėje. Tai pastatas statytas būdingu Mažajai Lietuvai stiliumi. Priešais centrinį pastatą stovi panašiu laiku statytas kuklus tarnų namas. Prie šio pastato pristatytas įdomios architektūros sandėlis, su keliomis eilėmis stoge išdėstytais vėdinimui skirtais langais. Galinėje pastato sienoje buvo įrengtas keltuvas, kurio mechanizmo liekanos tebestovi ir dabar. Jis statytas iš raudonų plytų, kaip ir netoliese stovintis mūrinis galvijų tvartas ir ilga mūrinė arklidė. Šie pastatai, kaip ir toliau stovintys keli darbininkų namai, statyti apie XIX amžiaus pabaigą.