1921 m. Švėkšnos pradinių klasių mokytojai kėlė muziejaus steigimo klausimą. Mokytojas A. Klumbys patarė rinkti eksponatus. Nutarta prašyti, kad grafas Pliateris perduotų muziejui seną lietuvių kalbos gramatiką. Deja, šie sumanymai liko neįgyvendinti. Vėliau gimnazijoje buvo įrengtas nedidelis "muziejėlis" – tai buvo tik viena įstiklinta vitrina, skirta eksponuoti senovinėms monetoms, archeologiniams radiniams bei kitokioms senienoms. Nemaža dalis eksponatų per karą dingo, keli eksponatai pateko į vėliau įrengtą Švėkšnos muziejų.

Pokario metais mokytojas lituanistas Jonas Vytautas Rupšys nemažai nuveikė kraštotyros srityje: 1957 m. surengė daug ekspedicijų Švėkšnos apylinkėse, surinko daug archeologinių eksponatų, darbo įrankių. Mokytojas Romualdas Pintveris mokyklos bibliotekoje 1968 m. įrengė stendus "Hitlerinė okupacija Švėkšnoje", "Už tarybų valdžią". Artėjant mokyklos 50-mečio jubiliejui, muziejaus įrengimu ėmėsi rūpintis mokytojas Petras Čeliauskas. Biblioteka buvo perkelta į vilos patalpas, o namelio, esančio parke, trys kambariai atiduoti muziejui. Muziejus buvo atidarytas 1969 m., per mokyklos 50-metį. Po kelerių metų, dėl prastos pastato būklės jį teko uždaryti.

1993 m. Švėkšnos vidurinės mokyklos muziejus tapo Šilutės muziejaus filialu ir buvo įkurtas viename iš Švėkšnos dvaro pastatų, buvusių Švėkšnos parko teritorijoje, netoli katalikų bažnyčios ir "Genovaitės" vilos.